源平之争乱期，肥后权守隆直举兵反抗平家，但被平家大军所攻。
承久之变(1222)中，支持后鸟羽上皇方与镰仓幕府军作战，一度被迫雌伏。之后，文永十一年(1274)蒙古来袭之际，武房率领弟弟赤星三郎有隆、菊池八郎康成等人出征，立下大功。弘安四年(1281)蒙古再度来袭，菊池武房再度出征博多。
菊池一族在这两役中的表现，因竹崎季长的《蒙古来袭绘词》而闻名。在这两役中，季长和有隆得到了恩赏，但武房只得到了朝廷赐予的甲胄，并没有得到幕府的行赏，这引起了幕府的不满，开始倾向于反北条。
元弘之乱时，武房的孙子武时奉后醍醐天皇皇子护良亲王的令旨，攻打阿苏神社大宫司阿苏惟直和镇西深题北条英时于博多，但因少弐、大友氏的叛变而败亡。据说当时武时召来嫡子武重，劝他重振菊池家，然后返回肥后。之后，受到讨伐军的攻击，与阿苏惟直一起潜伏在日向鞍冈山。
不久，足利高氏转向后醍醐天皇，攻陷六波罗探题，少弐、大友氏等讨伐镇西探题北条英时，镰仓幕府灭亡。此时，菊池武重因先前的伤痛尚未痊愈，无法参战。
建武中兴后，武重与弟弟武村、武吉等进京，成为后醍醐天皇的近侍，被任命为肥后守，成为建武新政武者所的成员之一。建武二年(1335)，足利尊氏背叛新政，武重加入新田义贞为大将的讨伐军东下，但讨伐军在箱根竹下之战中战败逃回京都。尊氏追着败走的新政军进入京都，不久在北畠显家、新田义贞、楠木正成等人的反击中败北，逃往九州。
少贰赖尚在赤间关迎接了足利尊氏，并带领尊氏一行参观了宗像神社。
留守惣领武重的弟弟武敏与阿苏惟直一同率兵攻打太宰府，讨伐有智山城少弐贞经，占领博多。武敏率兵北上，在多多良滨布阵。武敏率领的宫方军有阿苏惟直、惟成兄弟、秋月种道、松浦党等人加入，兵力压倒尊氏势力。
激战朝宫方有利的方向展开，但突然刮起北风，朝宫方吹去。战局突然对宫方不利，松浦党转而支持尊氏，菊池氏等人溃不成军。菊池武敏率领少量兵力撤退，但阿苏惟直、惟成兄弟、秋月种道等人全部战死。
通过这次胜利，尊氏扭转了颓势，平定九州，留下一色范氏为镇西管领(九州探题)，再次以京都为目标进发。尊氏军在摄津凑川讨伐楠木正成及其一族，使新田义贞败走，压制了京都。后醍醐天皇投奔吉
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